加拿大魁北克进行首个新冠基因测序:三分之一的感染源自欧洲!

Emma Chou

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近日,加拿大魁北克国家公共卫生研究所(INSPQ)和麦吉尔基因组中心宣布了他们对SARS-CoV-2基因组的基因测序研究的初步结果。SARS-CoV-2是导致COVID-19暴发的病毒。根据这项研究,新冠病毒是在春假期间进入魁北克的,可能只有247人携带病毒进入该省。这项初步研究的同行评审正在进行中。

“我们的研究表明,魁北克暴发的源头主要是通过欧洲和美洲,而不是亚洲。”微生物与免疫学系副教授杰西·夏皮罗博士(Jesse Shapiro)说,“大多数早期传入魁北克的病毒并没有导致持续传播,但春假后的大量传播最终导致了我们此后看到的数万病例。”

该团队对2020年2月中旬至4月1日期间获得的734个高质量基因组序列进行了测序和分析。这些序列被置于来自加拿大其他地方和国际上21935个序列的背景下,包括截至4月1日共享所有流感数据全球倡议(GISAID)中所有可用的序列。研究人员通过比较流行病学旅行史数据与系统发育推断和祖先状态重建(也被称为ASR,根据从被测量的个体特征到其共同祖先的时间外推)的结果,寻找各种传入的地理起源,

麦吉尔大学人类遗传学系教授、基因组科学负责人扬尼斯·拉古西斯(Ioannis Ragoussis)博士说:“我们采用多种最前沿的基因组技术来对整个SARS COVID-2基因组进行排序。”“虽然我

在研究小组检查的数据集中,旅行史数据显示,近三分之一(32.7%)的感染来自欧洲(法国感染率最高,为12.1%),31%来自加勒比/拉丁美洲,近四分之一来自美国(23.9%)。来自亚洲的很少(1.2%),中国的则没有。这证实了一种观点,即新冠的传播范围比之前认为的要广得多,到2020年早春时,它并非仅仅只在中国暴发的一种地方病。根据最早报告病例的发展史,第一个病例可能早在1月30日就从英国到达魁北克市,但确切日期仍不确定。

魁北克国家公共卫生研究所(Institut national de sante publique du Quebec)基因组学和生物信息学负责人桑德琳·莫里埃拉(Sandrine Moriera)博士说:“这些数据证实了公共卫生措施的重要性。”“由于导致社区传播的病例如此之少,我们都需要保持警惕。”

加拿大计算基因组学中心(Canadian Center for Computational Genomics)主任、人类遗传学系教授纪尧姆·布尔克(Guillaume Bourque)博士说:“这是许多分析中的第一个,这些分析不仅着眼于病毒是如何传入该省的,还将着眼于它是如何传播的。”“的确,看到病毒在如此早期就传播得如此广泛,令人惊讶。”

数据还显示,在疫情暴发的早期阶段,病例集中在魁北克省的蒙特雷吉地区。数据还表明,拉丁美洲和美国的病例也有欧洲起源。目前,对SARS COVID-2病毒的系统动力学或进化的研究将继续进行。

编译/前瞻经济学人APP资讯组

原文来源:

https://medicalxpress.com/news/2020-09-genetic-sequencing-covid-quebec-roots.html

https://virological.org/t/genomic-epidemiology-of-early-introductions-of-sars-cov-2-into-the-canadian-province-of-quebec/553

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